日本の義務教育期間はあくまで年齢主義であり、学齢を過ぎたらもはや義務教育の対象とはされない。そうしたことも一因で、学齢超過者が小中学校に入学することが困難となっている。そのため、上記のような戦争による未就学者や、近年増加している不登校者が小中学校への入学を希望しても、一度学齢を超過すると入学できない場合が多いことが問題となっている。
高校進学率が非常に高く、また、幼稚園･保育園入園率も高いため、義務教育年限を延長し、それらの教育機関を義務教育機関にすることを求める意見がある。
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「義務教育」という用語が、強制的な印象を持たせるため、長期欠席生徒に対するプレッシャーになる場合があり、また法制度に疎い人の誤解を招く場合も多く、より適切な用語にすべきだとの意見がある。
日本の義務教育制度は一定年齢の就学義務という形であり、一定課程の修得を義務付けているわけではないため、義務教育という言葉は特定の教育課程のことを意味しない。にもかかわらず、義務教育という単語を「初等教育と前期中等教育の総称」として使用する例が見られる。例えば、一部の同人誌などの即売会の参加資格欄において、「代表者が義務教育を終了（修了）していること」という表現がみられるが、この真意は「学齢期を終了していること」ではなく、「中学校を卒業していること」である場合が往々にしてある。