忍術には「陰忍」と「陽忍」がある。陰忍とは、姿を隠して敵地に忍び込み内情を探ったり破壊工作をする方法であり、一般的に想像される忍者とはこの時の姿である。対して陽忍とは、姿を公にさらしつつ計略によって目的を遂げる方法である。いわゆる諜報活動や謀略、離間工作などがこれに当たる。古武術には忍術の名残りが見られるものもある。
近年の研究では、身体能力に優れ、厳しい規律に律された諜報集団という面の他に、優れた動植物の知識や化学の知識を持つ技術者集団としての一面も持つことが判っている。
忍者は上忍、中忍、下忍と身分が分かれている。上忍は伊賀では郷士（地侍）で、地主として小作人である下忍を支配している。中忍は下忍達を率いる小頭である。甲賀では上忍ではなく中忍が最高位とされている。実際に各地の戦国大名に雇われていたのは下忍達だったといわれている。伊賀流は個人技、甲賀流は集団技に優れていた。
戦前は「忍術使い」といった呼称が一般的だったが、戦後は村山知義、白土三平、司馬遼太郎らの作品を通して、「忍者」「忍びの者」「忍び」という呼称が一般化した。飛鳥時代には、聖徳太子が、大伴細人（おおとものほそひと）を「志能備（しのび）」として使ったと伝えられる。ちなみに任務は蘇我氏などの有力豪族の偵察だった。
江戸時代までは統一名称は無く地方により呼び方が異なり、「乱破（らっぱ）」「素破（すっぱ、“スッパ抜き”という俗語の語源）」「水破（すっぱ）」「出抜（すっぱ）」「突破（とっぱ）」「透破（とっぱ）」「伺見（うかがみ）」「奪口（だっこう）」「草」「軒猿」「郷導（きょうどう）」「郷談（きょうだん）」「物見」「間士（かんし）」「聞者役（ききものやく）」「歩き巫女」「かまり」「早道の者」などがある。
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現在女性の忍者のことを「くノ一（くのいち）」（“女”という文字を「く」「ノ」「一」と三文字に解体し呼称するようになった隠語表現）とする表現が一般的である。異説として鼻、目、耳、へそ、肛門などの人体にある九つの穴（鼻は一つの穴と数える）に加え、女性は穴が一つ多いことから「九の一（くのいち）」として呼んだという説も存在する。しかし穴の数え方が資料によってまちまちのため（例えば、へそではなく尿口を数えるなど）の説もあり、信憑性は今ひとつである。また「くのいち」という呼び方自体が山田風太郎の創作とする説もある。「くのいちの術」と言って女性を使った忍術は存在するが、忍者を題材にした映像作品や漫画作品などで登場するような女忍者は存在しなかったとも言われる。しかし女忍者が女中になりすまし城に潜入したという記述も残っており、女中達の「女の噂好き」を利用した諜報活動でかなりの功績をあげていたとされる。また史実に登場するくノ一で有名なのは、武田信玄に仕えた歩き巫女の集団がある。詳細はくノ一の項が詳しい。